冯玉祥遇难后，毛泽东、朱德、周恩来等中共中央高层，各民主党派负责人士均发唁电。在冯玉祥逝世周年纪念大会上，毛泽东、朱德、周恩来都亲自书写挽联。毛泽东挽词：“冯玉祥将军逝世谨致悼意。”周恩来挽词：“纪念冯玉祥将军的最好办法是坚决地进行反对帝国主义的斗争。”朱德题写挽词：“焕章将军千古：为民主而牺牲。【吃瓜网】”
1953年，冯玉祥的骨灰被安葬在泰山，其两次息影之地。安葬仪式上，毛泽东、周恩来、朱德等国家领导人题写了挽联。郭沫若题墓壁“冯玉祥先生之墓”，中间嵌有冯玉祥鎏金铜像，并刻有1940年5月所写自题诗。文革中，泰山的名人遗迹被破坏殆尽，但是冯玉祥的墓没有遭到破坏，虽然有人上山砸墓，但是泰山附近的村民自发拿着木棒护墓。
1982年，冯玉祥百年诞辰，邓小平接见了冯玉祥后人。邓小平说：“焕章先生是很值得我们纪念的人物，他一生有很长时间为国家和人民做了许多好事，建立了丰功伟业。他也是同我们党长期合作的朋友。”
“关于父亲在黑海遇难，很多人都心存疑问。”这其中也包括冯玉祥的家人。冯玉祥之孙冯文二通过报道分析说：“苏方当时公布，我爷爷乘坐邮轮系电影胶片失火所致。此说疑点甚多：我爷爷及家人所住舱房在3楼，电影放映舱在底楼，如果从底楼烧起，3楼以下人员势必要惊叫窜跑。我爷爷60多岁，依然身体健壮，终生行伍，脚腿快捷，如有响动，定会开门冲出。而且当三叔冲出高喊救人时，四周空荡无人。当时一个说法是蒋介石特务所为，但从当时的各种迹象和各方推测，此说的可能性不大。克格勃sr后都要留下一个显著标志，死者的头颅上有青色印记，我爷爷的头颅上就有青印标志。与我爷爷同轮遇难的有4名前苏共中央委员。有人认为是当时斯大林清洗不同政见者时，我爷爷阴差阳错地连搭了进去。我爷爷的遗体就地火化后，同年11月由我大难未死的奶奶李德全带回国。”
20世纪90年代，冯弗伐在参加全国政协会议期间，曾就父亲遇害之事询问戴笠的爱将沈醉。沈醉说：“冯将军到美国以后，发表反对美国援助蒋介石的演讲，蒋介石十分怒恨，但国内形势吃紧，他的手没那么长了，顾不上了！”
冯理达则认为：“后来查明说这是由于电影胶片起火造成的。但我到现在也不相信。你想想，电影胶片起火，是个小范围的，也能控制，但这次船上的电报、无线电、医务室和驾驶舱都事先遭到了破坏，而往日开放的大休息室也突然关闭了，救生艇也仅仅剩下3只。当时美国和苏联都认为这是一次有预谋的政治谋杀，且双方都指责是对方所为。但真正的凶手是谁，也许永远无法知道了。”
2001年，周海婴在电话中向冯弗伐谈起此事，说他在1949年随母亲许广平到东北时，曾听到李德全向民主人士叙说冯玉祥遇难经过，大家听后都感到悲痛又觉疑惑：“她(李德全)对这件灾祸虽有疑问，但忍着丧夫之痛，没有明确地提出详细调查的要求。”冯玉祥的秘书赖亚力在晚年曾对冯洪达说：“据苏方的调查，大火是烈性炸药爆炸引起的。”
冯洪达夫人余华心说：“当时将军从美国回来坐的是头等舱。大火来的时候非常突然，一点先兆都没有，根本没有时间逃命，很明显这是一个经过精心谋划的谋杀行动。根据我了解到的一些情况，我个人推测是：特务事先在油漆轮船的时候，在油漆里混入了大量的烈性炸药。”当年的那场大火到底是从何而来，已难做出定论。“记起继母李德全向我们讲过父亲在舱道窒息后，被抬到甲板上，已不省人事，但他的面颊上有一块以往从没有过的灰色圆形痕迹！”冯弗伐说。