明朝天启年间，大学士、内阁首辅朱国帧被魏忠贤弹劾，只得称病告老还乡。他告老归田后，留心收集史料，创作了《明书大事记》《皇明纪传》等专著。他还仿照司马迁《史记》的体例，编修了史书《明史概》。崇祯六年，朱国帧去世，《明史概》中崇祯帝的部分没能完成。朱国帧去世后没多久，明朝便灭亡了。清军入关后，朱家家道中落，为了糊口，朱家后人便将未出版的明史手稿卖给了同乡富户庄廷鑨。
颇有才气，奈何双目失明，一腔抱负无处施展。【吃瓜网】因为有司马迁“左丘失明，厥有国语”的说法，庄廷鑨便想着写一部属于自己的“左传”，他野心勃勃，立志著一部史书以建功立业流芳百世。在买到朱国帧为完成的手稿后，他自知自己没有那么大的才华，便重金聘请了多位名士，对朱国帧的手稿进行增加与修订，投机取巧，把别人的知识做成自己的。庄廷鑨将缺失的崇祯朝的部分补上了，南明小朝廷的部分也被包括在内。
庄家是在朱国帧手稿的基础上进行修订的，为了与前文保持一致，沿用的都是遗稿中的词语，例如提到清太祖努尔哈赤时，还是按照明朝官职称为“建州都督”;使用明朝包括南明的年号而不用后金、清朝的年号;将降清的将领孔有德、耿精忠等人称为叛将;将满洲士兵称呼为“建夷”等。这些字眼在清朝统治者的眼中，都是大忌。
庄廷鑨病逝后，他的父亲庄允城将书刻成木板，印刷成书，《明史辑略》正式刊行。为了抬高身价，庄允城将当时的名士茅元铭、吴之铭、陆圻等十八个人的名字列入了修订名单，声称他们都参与了书的编辑。他还请了前明朝礼部官员李令皙来给本书作序，以彰显此书的权威。
陆圻、查继佐、范骧三位江南名士发现自己的名字无端出现在此书上，便将此事告发。与此同时，归安知县吴之荣因为贪污被罢职，为了借此事复职，也将其告发。庄允城为了避免惹出麻烦，花费大量金钱贿赂有关官员，将其中被告发的语句改掉后，基础刊刻发行。吴之荣见自己先前的告发毫无动静，庄允城也没向自己行贿，便千方百计弄到了一部初版的《明史辑略》，并诬告此书的原稿是朱佑明本人写的，再度告发。事情愈演愈烈，最终惊动了朝中众多辅佐大臣，其重要包括鳌拜。
当时康熙年幼尚未亲政，鳌拜便命人彻查此事，并严惩涉案人员。范骧、查继佐、陆圻三位名士因为告发有功，无罪开释，庄廷鑨的弟弟庄廷钺以及其余史思明名士都是被凌迟处死的。为此书作序的李令皙被定为主犯之一，李家一门因此灭族，之前收受贿赂企图掩盖此案的官员，也遭到了清算。庄允城则是因为不堪虐待，死于狱中，就连已经去世的庄廷鑨也被掘墓开棺焚骨。而被诬告的朱佑明及五个儿子也被处死。《明史辑略》被销毁。
明史案最终牵连了千余人，列名参校者、初审官员、作序者以及刻印、卖书、藏书者共计七十余人，都被处死，家产充公，被流放宁古塔的家眷有百余人之多，这也是清初最大的文字狱案。
金庸的《鹿鼎记》首篇就是以庄廷鑨明史案开场的。